הארי פוטר

הספר נפתח ביום הולדתו של הארי פוטר, במהלך חופשת הקיץ. הארי מתגעגע מאוד להוגוורטס ולחבריו. באותו הערב, כאשר מגיעים אורחים למשפחת דארסלי, הארי צריך להיות בחדרו ולהתנהג כאילו שאינו קיים. הארי מוצא בחדו גמדון בית בשם דובי, יצור קסום המשמש כמשרת של אחת ממשפחות הקוסמים, על מיטתו. דובי מזהיר אותו לא לחזור להוגוורטס, אך אינו יכול להסביר מדוע. כשהארי מתעקש על רצונו לחזור להוגוורטס, דובי משתמש בקסם כדי להרוס את הפודינג של הדודה פטוניה (ומבריח את האורחים). כתוצאה מכך שולח משרד הקוסמים להארי מכתב אזהרה, ומשפחת דארסלי הזועמת, מפסיקה לפחד שהארי ישתמש בקסמים כדי לפגוע בהם וכולאת אותו בחדרו.

הארי לא יכול לברוח, היות ודרך הבריחה היחידה שלו היא שימוש בקסם, דבר שיוביל לסילוקו מבית הספר. למרבה המזל, לאחר מספר ימים רון, פרד וג'ורג' ויזלי, שמודאגים מכך שהארי לא ענה למכתביהם, "שואלים" את המכונית הקסומה המעופפת של אביהם ובאים לחלץ את הארי.

ביום הנסיעה להוגוורטס, המחסום ברציף 3/4 9 מסרב להיפתח עבור הארי ורון והרכבת יוצאת בלעדיהם. הם מחליטים לצאת להוגוורטס בעקבות הרכבת במכונית המעופפת, שמחזיקה מעמד כמעט כל הדרך אבל מתרסקת בזמן ההגעה היישר אל עץ תוקפני במיוחד. בגלל התעלול, הארי ורון נענשים ומאויימים שיסולקו מבית הספר אם יעברו על חוקים נוספים.

במהלך שנת הלימודים, שורה של תקיפות מוזרות מתרחשות במסדרונות הוגוורטס כאשר תלמידים, אחת מרוחות הרפאים ואף חתולתו של השרת הופכים לאבן. לפני התרחשותן של תקיפות אלו, הארי שומע קול מן הקירות, קול שאיש מלבדו אינו שומע. יחד עם רון והרמיוני, הארי מנסה לפתור ולגלות עוד על תעלומת ההתאבנויות והרחשים. התעלומה נקשרת במהרה לאגדת "חדר הסודות" של הוגוורטס - האגדה כי סלזאר סלית'רין, ממייסדי בית הספר, בנה בו חדר סודי ובו מפלצת קטלנית. רק היורש של סלזאר יוכל לשלוט במפלצת ולהשתמש בה כדי להרוג את הבוצדמים (מכשפים שהוריהם או אחד מהוריהם אינם מכשפים) שבבית הספר.

הארי חושד בדראקו מאלפוי כי הוא היורש  והוא השולט במפלצת אך החשד של רוב התלמידים נוטה דווקא לכיוון הארי. החשדות נובעים מכך שהחתולה של השרת התאבנה זמן קצר לאחר שהשרת לקח את הארי למשרדו וכמעט העניש אותו על איזו שטות והתלמיד הראשון שהתאבן היה מעריץ נודניק של הארי שרדף אחריו לכל מקום וצילם אותו. חשדם של התלמידים גובר לאחר שהארי מציל את אחד התלמידים מנחש על ידי כך שהוא צועק על הנחש להסתלק ועושה זאת מבלי לשים לב בשפת הנחשים. מכיוון שהיכולת לדבר אל נחשים הייתה אחת מתכונותיו הידועות של סלזאר סלית'רין, קיום התכונה בהארי מצביע על קשר בינו ובין סלית'רין. הארי מוטרד מגילויים אלו ונזכר כי מצנפת המיון רצתה לשים אותו בבית סלית'רין (בספר הראשון), ורק בעקבות בקשתו של הארי החליטה לשלוח אותו לגריפינדור.

יום אחד מוצא הארי בחדר שירותים יומן שמישהו ניסה להיפטר ממנו. היומן שייך לתלמיד בשם טום רידל, לרוע המזל היומן ריק, אולם הארי מצליח לגלות את סוד קסמו - אם כותבים בו, הוא עונה בחזרה. הארי משוחח עם היומן, שמחזיק בתוכו את זכרונותיו של רידל, ורידל מראה לו את שהתרחש בלילה שבו לדבריו הוא עצר את התלמיד שפתח את חדר הסודות - רידל תפס את האגריד כהוא מטפל בעכביש ענק. הארי מבין כי זוהי הסיבה שבגללה גורש האגריד מבית הספר, אך אינו יכול להבין או להאמין שהאגריד הוא זה שגרם לתקיפת התלמידים.

עוד לפני שהארי מספיק לדבר עם האגריד, הרמיוני מותקפת ומתאבנת, האגריד נלקח לכלא הקוסמים, אזקבאן ודמבלדור מושעה מתפקידו. הארי ורון יוצאים בעקבות הרמז שהאגריד השאיר להם ונתקלים ביער האסור בעכביש ענק בשם אראגוג, אותו העכביש בו טיפל האגריד בשעתו. אראגוג מספר להארי ורון כי הוא לא המפלצת שבחדר הסודות ומסרב לעזור להם.

הארי ורון מבקרים את מיטתה של הרמיוני בבית החולים ומבחינים בדף שהחזיקה בידה בעת שהתאבנה, ובו מתוארת מפלצת הבאסיליסק - נחש ענקי שהורג במבטו. הארי מגיע למסקנה שזו המפלצת הנמצאת בחדר הסודות, ובגלל שהוא יכול להבין את שפת הנחשים הוא היה היחיד ששמע אותה. הארי ורון גם מבינים שהמפלצת מגיעה מחדר השירותים הנטוש הנרדף מירטל המייללת, התלמידה שנהרגה בידי הבאסיליסק.

עוד לפני שהארי ורון מספיקים להגיע לשירותים, ג'יני, אחותו הקטנה של רון, נחטפת לחדר הסודות. הארי ורון יוצאים להציל אותה ולהביס את המפלצת. בעקבות התמוטטות סלעים הארי מגיע לחדר הסודות לבדו, ושם הוא נתקל בשנית בטום רידל, הפעם במציאות ולא רק בתור דפים ביומן. מתברר כי היומן של רידל היה במהלך רוב השנה בידיה של ג'יני, והיא ניהלה איתו התכתבות אינטימית כדי שרידל יוכל להשתלט עליה ולהעזר בה לפתיחת חדר הסודות ושחרור המפלצת. רידל טוען כי מטרתו האמיתית במהלך החודשים האחרונים הייתה להביא לכך שהארי יגיע לחדר הסודות, ולכן  הוא גרם לג'יני להעמיד פנים שנחטפה ולרדת לחדר הסודות בעצמה. לאחר מכן הוא שאב ממנה את החיים כדי להתממש בצורה פיזית בעצמו והיא על סף המוות. רידל חושף בפני הארי כי הוא כינה את עצמו בבית הספר "לורד וולדמורט", ומכאן שבעתיד הוא יהיה זה שינסה להרוג את הארי וייכשל. רידל מלא סקרנות לדעת איך הארי שרד וכשהארי לא משתף פעולה הוא מזמן את המפלצת כדי שתהרוג אותו.

למזלו של הארי, מגיע אליו בדרך קסם עוף החול של דמבלדור יחד עם מצנפת המיון, שמתוכה שולף הארי את חרבו של גודריק גריפנדור. בעזרת עוף החול והחרב מצליח הארי להביס את הבאסיליסק, להרוס את היומן של רידל ולהציל את ג'יני. האגריד משוחרר מהמעצר באזקבאן, דמבלדור מוחזר לתפקידו וכל מי שאובן נרפא בעזרת שיקוי מיוחד.